No se a que se debe lo que cuentas pero prueba las siguientes cosas a ver si alguna te soluciona el tema:

a) invierte el enchufe del subwoofer en el enchufe A/C.

b) utiliza un mejor conector con el subwoofer y asegurate de que queda totalmente insertado en la conexion.

c) asegurate de que el subwoofer esta conectado a la misma regleta que el resto del equipo.

d) coloca una ferrita en el cable de alimentacion del subwoofer. Si ello no es suficiente pon otra en el cable que conecta este al ampli y hazlo cerca del sub.

Espero que algo de esto te ayude a solucionar el problema que, me parece, es alfo relacionado con la toma de tierra o las conexiones.