Hola, es que estás mezclando tres formas distintas de funcionamiento, lógico que suene distinto.

Si conectas el subwoofer al canal LFE, dependerá de la configuración que tengas (LFE+Main, principales en "Small" y corte) y funcionará o no el subwoofer dependiendo del modo empleado (multicanal, "direct", "pure direct").

Si conectas por alta señal a los principales (y ajustado corte, fase y ganancia en el propio sub para integrarlo correctamente) sonará el subwoofer siempre, independientemente del modo empleado, incluso en "pure direct". Es lógico, no hay misterio, tienes añadido el sub a las salidas de altavoz de los frontales, las cuales reciben señal independientemente del modo empleado, para que dejase de sonar el sub de este modo, solo cabe apagarlo.

Por cierto, buenas cajas y sub.

Saludos.