Ya que eres tan exigente y notas tanta mejora yo desactivaría también la conexión de red pues también produce interrupciones en al microprocesador y aunque están muy optimizadas al igual que las de los discos estará interrumpiendo de vez en cuando produciendo un posible Jitter. Yo si sería partidario de detener todos los programas y hardware posibles para evitar cualquier tipo de influencias.

De todas maneras la lectura de las muestras la hace la tarjeta de sonido de forma independiente al microprocesador, y me parece increíble que haya tanto cambio en detalle como indicas debido a exceso de proceso de la CPU y no por condiciones diferentes en el momento de las dos grabaciones. Incluso a tan altas frecuencias de muestreo.