A ver si puedo responder a algunas de tus preguntas ya que, sinceramente, no entiendo todo lo que has escrito.

Un CD sonará siempre mejor reproducido por vía digital (SPDIF) que por analógica si el convertidor D/A es de más calidad del que disponga el reproductor que lo saca por analógico.

Lo que mencionas de reverse o no con el subwoofer se refiere a la fase del mismo.

Según las especificaciones de THX el subwoofer debería de tener el corte de frecuencia a 80 Hz. De todas maneras ello dependerá de tu equipo y del tipo de altavoces que utilizas: si son de los cubitos de Bose necesitarás llenar más frecuencias graves y, por tanto, subir el crossover (punto de cruce entre lo que reproducen los altavoces y donde toma relevo el subwoofer) si, en cambio, tienes altavoces de gama de frecuencias completa (o más completa) evidentemente el corte del subwoofer deberás de ponerlo más abajo (cerca o por debajo de los 80 Hz).

Espero que esto te sea de ayuda.

Un saludo