Hola, un par de cosas respecto a lo que vienes observando.

Aunque con el móvil midas distinta presión entre sub y resto de canales, dudo que el micro de un móvil tenga la misma sensibilidad en el extremo bajo que a frecuencias medias, luego dichas medidas son poco fiables, es más, parece completamente lógico que mida menos SPL en el sub, porque lógicamente el micro del móvil ha de tener mucha menor sensibilidad en el extremo bajo (no está hecho un móvil para registrar sonidos tan bajos, la voz humana no llega tan bajo, que es lo que debe registrar correctamente), si midiese igual sería lo extraño, señal que realmente dicho canal tiene mucha más presión que los demás.

Otra cosa, igualmente el oído humano es mucho menos sensible en los extremos, especialmente en baja frecuencia, por lo que de nuevo es normal que nos parezca que suena a menor presión a simple oído, un subwoofer que se haya calibrado a la misma presión que el resto de canales.

Y para acabar, un pequeño cambio en la posición del micro al calibrar, entre una y otra muestra, pueden dar como has visto distintas medidas de distancia (y ecualización, corte, pero no es el caso de tu consulta) y es completamente normal, hay que tener en cuenta que la distancia la calcula en base a la longitud de onda, y a bajas frecuencias las longitudes de onda son elevadas (20 Hz tiene una longitud de onda aproximada de 16 metros), por lo que los márgenes de error son mayores que en el resto de canales (frecuencias más altas, menores longitudes de onda).

No te obsesiones y trata de buscarle la lógica, para ver si esos "desajustes" que mides o percibes son tales o simplemente un efecto de nuestro sistema auditivo, de las características del sonido, etc.

Saludos.