Buenas, por lo que comentas que vas probando y lo que te dicen los compañeros, yo veo que el problema podría ser, un tema de cancelación de fase en alguna frecuencia dada por la distancia entre el sub y la pared trasera, o la frontal. Cuanto mide la sala, la pared más larga? Podrías entrar en cálculos acústicos, y mirar la fundamental de la sala. O la Fq de Schroeder, para ver las diferencias con la otra sala.

Como dicen los foreros, con un dibujo, y unas medidas, es todo mucho más sencillo, para dar consejos. De todas maneras, te recomiendo probar material absorbente para bajas frecuencias detrás de los altavoces, para que la difracción de las frecuencias del sub, no te provoquen después una cancelación, como me parece que te está creando. Mira este link y verás un poco la idea, y como solucionarlo.

Comportamiento de las frecuencias Graves, colocación de Altavoces - PRODUCIENDOMIMUSICA