OJO, que no me refiero a que el tamaño de los ficheros sea el mismo, sino a que su contenido sea el mismo.

Si confirmas que el contenido de ambos ficheros es idéntico, no encuentro explicación, pues el comportamiento de una aplicación software como el Audition "debería" ser determinístico, y ante una misma entrada mostrarte una misma salida.

Y si en el Audition las ondas no salen idénticas, lo mismo me dá, si confirmas que el contenido de los ficheros es idéntico, obviamente la copia es exacta.