Hola.
Independientemente de la aclaración de Shaolin, al Bose le van a llegar las dos señales. En el ampli interno del Bose tendrás que decirle que entrada tienes seleccionada con el mando a distancia. No te permite tener las dos al mismo tiempo. La información que te llega de la PS3 a través del optico digital, llevará información multicanal, que tu sistema procesará y evidentemente convertirá en una señal analógica para los altavoces (como hacen todos los amplificadores). Como tu sistema es 2.1 hará un downmix para que la señal 5.1 - 7.1 se procese correctamente. Si lo que estás haciendo es meterle una señal stéreo procedente de la salida de la tele (donde le llega también la información de la PS3 a través del hdmi) el procesador del Bose trabajará con una información "menor" porque ya sólo le estás dando dos canales analógicos que salen de la tele.
Entre una conexión y otra, sin duda mejor la digital optica procedente de la PS3 sin pasar por el "DAC" de la tele que seguro es mucho peor que el del Bose.
Salu2