A mi me ha pasado lo mismo con algún vídeo en 3D que he descargado, siempre eran vídeos que no eran mkv. Sin embargo también te diré que hay otros vídeos 3D que sin ser mkv me han funcionado sin problemas en la tv. Yo te recomendaría que los pasaras por el Mediainfo en el pc, para ver que diferencia hay entre los que funcionan y los que no.
Misterios...