Primero, conecta el disco duro con esa carpeta vacía a ver si de da el mismo problema al acceder a ella. Luego vete copiando uno a uno y pruebas a ver si te deja acceder y a partir de que punto se te peta. Si te falla desde el primer fichero prueba a ponerle nombres cortos a los ficheros tipo: a.mkv, b.mkv, ... para acotar problemas. Ya nos contarás... en función de los resultados vemos de donde viene el problema.