Entonces si que has hecho cambios de hardware al cambiar de caja. Yo sin tener mas info, lo que haria es quitar todo y dejar solo el disco de arranque de windows. Si con eso te arranca bien, vas añadiendo perifericos hasta dar con el gazapo.
Tambien podrias revisar en la Bios el orden de arranque de los discos (no sea que el primer disco de arranque no sea el correcto y por eso vaya a la bios)