Desde luego que merece la pena poner un SSD SATA3 en controladora SATA3 para aprovechar al máximo su tasa de lectura/escritura, pero no te preocupes por tenerlo como está porque ni mucho menos vas a tener la mitad de rendimiento.

En realidad lo más importante de un SSD en un uso real es el tiempo de acceso, aspecto en el cual el conectarlo a una interfaz SATA2 no te limita.

Saludos