Es que estás confundido, con APO no hace falta reiniciar en absoluto. Haces un cambio en un fichero, haces Ctrl-G (o pinchas en "guardar") y el cambio se aplica inmediatamente. Y cuando digo inmediatamente es inmediatamente. Esa es una de las grandes ventajas de APO EQ, comparar entre distintos filtros individuales, o entre distintos grupos de filtros es trivial e inmediato.
Por ejemplo, con YPAO, al cambiar de un preset a otro (de Plano a Natural, o a NoEQ) hay una interrupción del sonido de aproximadamente medio segundo o un segundo, y aunque no es dramático, molesta. En Audyssey es peor, al cambiar de curva hay una interrupción de entre 2 y 3 segundos, y ya no es que moleste, es que directamente los cambios más sutiles entre una y otra EQ pueden quedar totalmente enmascarados por culpa de esa interrupción.
Lo de trabajar directamente con los ficheros es simplemente porque puedes hacerlo "todo", por ejemplo puedo crear varias ecualizaciones distintas y aplicarlas todas a la vez, o solo una o dos (lo cual puede resultar muy útil para hacer determinadas pruebas). Con una interfaz siempre estás limitado a lo que la interfaz te ofrezca, desde número de filtros hasta precisión en el ajuste. También es cierto que siempre tengo REW al lado para comprobar, aunque solo sea con la simulación, sin volver a medir. Para ecualizar únicamente a oído tienes razón en que la interfaz es más intuitiva y fácil de usar.
Saludos.