Hola Sergio,
Realmente Kodi lo que busca es el nombre de la carpeta, para saber cómo se llama la serie, y luego los capítulos, que tengan la nomenclatura correcta. Al programa le da igual que tengas todos los capítulos juntos en una misma carpeta, que los separes en carpetas que se llamen "Temporada 1" "Temporada 2" "Temporada 3", o que incluso te crees una carpeta para cada capítulo.
Kodi acepta diferentes nomenclaturas para las series, por ejemplo:
\Series\Dexter\Temporada 1\4x05 4x06.mkv
\Series\Dexter\Temporada 1\405 406.mkv
\Series\Dexter\Temporada 1\s4e05 s4e06.mkv
\Series\Dexter\Temporada 1\s04e5 s04e6.mkv
\Series\Dexter\Temporada 1\s04.e05 s04.e06.mkv
\Series\Dexter\Temporada 1\s04_e05 s04_e06.mkv
Todos esos nombres deberían ser válidos para el capítulo cinco de la temporada dos de la serie Dexter. En principio incluso se pueden mezclar estas nomenclaturas, siempre que no lo hagamos en ficheros que contengan capítulos dobles (se puede tener un MKV que contenga más de un capítulo si se nombra correctamente). Sin embargo, a mi me gusta siempre tener cada serie con una nomenclatura uniforme si es posible.
En general va bastante bien, pero nada es perfecto, quizás la base de datos del scrapper que usas no tiene bien esa serie o cualquier historia.
Saludos