Windows 7 tiene una limitación con particiones mayores de 2 teras, te pongo un enlace:

Como instalar un disco duro de más de 2 teras en Windows | Al otro lado del mostrador

O otra posibilidad es hacer dos particiones de 2TB. Con linux no tienes problemas.

Para probar el arranque por usb de la placa, hazte un usb con openelec y pruebalo. Ignoro si kodibuntu es una live.

Saludos