Normalmente los ecualizadores tienen un control de volumen independiente, ademas de los controles de las frecuencias. Toca sin miedo el eq, esta para eso, para buscar mejor tu sonido en tus monitores, no todos suenan igual.
Yo es que uso el propio eq de la mesa de mezclas y para la entrada de audio del amplificador de guitarra lo mismo, tiene su propio eq y sus potes de volumen (master, presence y volumen del ampli).