Problema configuracion escritorio ubuntu por salida hdmi

Pues eso tengo instalado ubuntu y he probado ya un par de tarjetas que tengo pci express con salida dvi las he conectado con un adaptador de dvi a hdmi al proyector pero el problema que tengo es que me desaparece mas de un dedo por cada lado del escritorio, he probado tanto con los drivers que coge por defecto ubuntu como con los drivers privativos de ati y nvidia.
Tambien he probado con varios portatiles con salida hdmi directo a la tele con windows y tambien desaparece un poquito el escritorio aproximadamente medio centimetro (desaparece un poco la barra) pero bueno esto se puede corregir con el desplazamiento de las flechas que permiten estirar y encoger el escritorio. Pero con linux no hay manera de corregir este error y lo malo es que me desaparece mas de un dedo con el linux y claro imaginaos que me desaparece completamente la barra por lo que es un problema bastante grave. Alguna sugerencia?