Si quieres que el NAS soporte al menos 3 discos, supongo que tendrás que irte a uno de 4 bahías. Puedes mirarte algún modelo de Synology o QNAP. He usado Synology y su software es fácil de usar. No he usado los modelos de QNAP, pero su hardware parece de mejor calidad que el de Synology, sin ser este último malo.

Si quieres distraerte un poco, puedes echar una ojeada a los HPE ProLiant MicroServer, fíjate si llevan memoria RAM o no a la hora de calcular el precio. Puedes instalar FreeNAS, para lo cual sería recomendable irte a 8 GB, o mejor 16 GB. Este es mucho mejor hardware que los Synology y QNAP, aunque el consumo eléctrico va a ser mayor que en los modelos anteriores.

En cuanto a la configuración de los discos. Con 2 discos puedes ponerlos en RAID 1, en espejo, pero solo vas a aprovechar 1.5 TB, que es el menor de los tamaños. Si por el contrario quieres aprovechar los 3.5 TB tendrás que prescindir de la redundancia, pero no te recomiendo que hagas un único volumen de los dos juntos ya que si que falla uno de los discos hará que la información del otro no sea recuperable.

Si quieres guardar información con vistas a medio/largo plazo, te recomiendo usar redundancia de discos, junto con copias de seguridad, ya que la redundancia por si misma solo te protege contra la rotura de los discos pero no contra el borrado o modificación accidental de datos. Si buscas un almacenamiento más casual, como por ejemplo, para tener a mano películas o series para ver en el corto plazo, puedes prescindir de la redundancia y aprovechas toda la capacidad de los discos.

En caso de usar redundancia, te recomiendo no usar protocolos propietarios, cualquier RAID 1 o RAID 5 te puede servir, o en caso de irte a FreeNAS, RAID-Z o RAID-Z1 también te pueden servir.