Hola.

Vamos a ver si nos aclaramos: los MKV son contenedores de audio y vídeo, no archivos de vídeo por sí mismos. Para poder "editar" el contenido del archivo MKV, tendrás que extraer el contenido de video, el contenido de audio, editarlos de la forma que quieras y volver a meterlos en un nuevo archivo contenedor MKV (reitero lo de contenedor). Los MKV no tienen fotogramas, ni ninguna otra característica de los archivos de vídeo. MKVToolnix es un programa de multiplexado y de edición del contenido del MKV, no de edición de vídeo.

Saludos.