Pues mira, me he animado y he grabado un cutre-video con mi móvil, explicando desde el principio los dos caminos. A ver si así lo entiendes:

https://www.youtube.com/watch?v=8HiL4fET6vU

Yo no se lo que tienes o lo que dejas de tener. Lo que explico en el vídeo vale exactamente para cualquier Remux. Otra cosa diferente es un BDrip o cosas así, donde efectivamente, hay una recompresión.

Sobre lo que comentas, es obvio que vendrán las dos versiones. Pues el HDR va incluido dentro de la propia imagen. No se puede "desactivar" (o quizás sí, eso es algo que está por ver, pero por lo que yo he visto...es como quemar subtítulos en imagen, no hay Dios quien los pueda quitar, están quemados, son parte de la imagen)