Curioso.
Normalmente es al revés. Me explico.
Si usas una película mkv en 24 (23,976Hz) y los codecs ffdshow y una tarjeta gráfica (no dices cual) tipo ATI 5000/6000, Nvidia 500 o Intel HD2000/3000 (con UAC desconectado), en Windows media center, aún
poniendo 23Hz (esto lo debes elegir tu manualmente en el panel de tu gráfica), no verás judder, pero sí perderas frames o glitches cada cierto tiempo.
El MPC-HC, bien configurado, suele ser la única forma de visualizar correctamente los 24p sin judder ni tener drops ni glitches.
Algo tienes mal en la configuración o no estamos hablando de lo mismo.
Saludos