En mi caso tengo también una 2.1 -Sapphire HD5670 Ultimate- en una placa con chipset P965 y bus x16.
Sin problemas.

Solo hay que vigilar que la tarjeta no consuma más de 75 W -máximo que permite el bus- y aceptar que se pierde la velocidad extra que se conseguiría en el bus apropiado. En un HTPC no se nota esa falta.