Hola Javicapi,
Ya que no das demasiada importancia a los juegos es mejor un Intel que un AMD, al ser mas fresco te lo pondrá mas fácil para la refrigeración, y si vas al 4130T como comentas mejor aún, son unos procesadores con un rendimiento muy bueno y consumo muy contenido, con lo que es fácil montar un equipo con ellos de forma que sea silencioso.
En lo del mueble, si está completamente cerrado, ya dependerá del volumen que tenga, no es lo mismo un mueble muy pequeño que uno más grande (con el grande lo tendrías mas fácil). No se como será la parte trasera de ese mueble, pero yo alguna vez he montado ventiladores en el propio mueble (además de en el HTPC, claro) para renovar el aire en éste (normalmente por detrás).
La ML03 es una buena caja, aunque me sorprende que la pongas porque ya está su sucesora, la ML04, y la ML03 es dificil de encontrar, jeje. (son la misma caja con diferente frontal)
En cualquier caso, en esta caja lo ideal es montar un disipador Big Shuriken 2, si dejas la caja de fábrica tendrás que dejar el ventilador que trae el disipador (tipo slim, más fino), porque con uno normal (2,5cm de altura) te tocaría con la chapa superior. Este ventilador no es el más silencioso del mercado, pero bien regulado te será casi imposible oirlo, y desde luego si el HTPC tiene un disco mecánico, el disco hará mucho mas ruido que el ventilador y te será imposible distinguir siquiera el ventilador teniendo el disco, no podrás saber si el ventilador está puesto o no.
Aunque lo ideal en esta caja es modificarla y hacerle un agujero superior e instalar un filtro, de esta manera se le pone un ventilador mejor (puedes poner un Enermax TB Silence de 14cm), que saca el aire del procesador directamente hacia afuera:
La fuente que pones es la mejor elección, super silenciosas y de calidad sobrada, y por supuesto, con 300w es más que suficiente.
Placa: Te recomiendo la B85M o la B85M Pro4, ambas estupendas para HTPC, la primera de ellas tiene como ventaja que lleva 4 USB 3.0 traseros frente a "solo 2" de la Pro4, mientras la Pro4 tiene la ventaja de llevar 4 zócalos para RAM frente a dos de la otra.
Eso sí, tendrás que añadirle un wifi, pero este te vale, trae bracket de bajo perfil y te aseguro que funciona muy bien: ENLACE
Procesador: Intel por tus necesidades, y como te digo el 4130T es el mas fácil de refrigerar.
RAM: 4 gigas está muy bien, no necesitas más, y tampoco necesitas más procesador, jeje
Disco duro: Para sistema te recomiendo por supuesto un SSD: ENLACE y para almacenamiento no te recomiendo reutilizar el que tienes, pues será ruidoso, compra un WD Green o un RED, que consumen menos y son mas silenciosos: ENLACE.
Para manejar el HTPC tienes varias opciones, o bien un teclado inalámbrico, un mando a distancia, o usar la tablet o el móvil (esto último especialmente útil para manejar XBMC).
El teclado-ratón, como el K400 está muy bien, pero tendrás el problema de la recepcion, te recomiendo instalar un alargador de USB por detrás del HTPC y sacar el receptor a un lugar donde no tenga obstáculos entre el propio receptor y el teclado. Esto mismo es aplicable para los mandos a distancia. Eso sí, tenemos la excepción con los que sean bluetooth (teclados y mandos), que va bien incluso con la puerta en medio.
Saludos