Buenas,
Ahi van unas sugerencias sobre el silencio.

Para tener un buen silencio en un PC, hacen falta 2 cosas, ventiladores buenos, y que funcionen a bajas RPM. Para conseguir eso y mantener un flujo de aire aceptable que evite el calor excesivo... hay que poner todos los ventiladores que se puedan (a bajas RPM siempre).

Sobre meter/sacar aire... hay mucha filosofia sobre el tema. Lo recomendable es evitar turbulencias, para eso hay que seguir la premisa de crear corrientes de aire lo mas lineales posible, un lado meter aire, el contrario sacarlo, etc.

Y por ultimo, como recomendacion ya que hablas de filtros... No es lo mejor en cuanto a temperatura, pero si para evitar suciedad. Hablo de la "presion positiva". Esto se consigue teniendo mas ventiladores metiendo aire que los que sacan. Con esto conseguimos que por todas las ranuras de la caja salga aire en lugar de entrar, asi conseguimos mantener a ralla los puntos por donde entra el polvo a la torre, que serian solo los ventiladores de entrada. Mediante los filtros adecuados nos aseguramos de un pc limpio por mucho tiempo.