Hola DanielGV,

Voy a intentar aconsejarte en tus dudas:

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La pieza más "complicada" fue la caja, tiene que ir en una estantería de 70x35x35 (ancho x alto x fondo) así que he elegido una In Win BP659 (ver aquí) que tiene 100x265x310. Parece un modelo bastante actual, con perforaciones para que ventile y bien organizada por dentro. Aunque como ya he dicho antes vengo a dejarme asesorar.
Con las medidas que comentas lo más limitante es la profundidad, porque 70cm de ancho y 35 de alto es mucho más que de sobra. Considerando esta limitación de 35cm de profundidad, podrías optar por:

Silverstone ML03 y ML04: La misma caja, solo cambia el frontal, es recomendable modificarla para ponerle un hueco superior, pero si no se lo haces también te podrían valer. Su profundidad es de justo 35cm, no se si ya te vendría demasiado justo porque por detrás tendrías que dejar unos cm para el cableado.

Silvestone GD04/GD05: Prácticamente la misma caja, la ventaja es que tienen de profundidad solo 32,5cm (menos que las ML03/ML04). Si usas un disipador grande para aprovechar el espacio interior sería recomendable hacerle el hueco superior (en este caso no podrías ponerle unidad óptica interna porque no te quedaría espacio). Si le pones un disipador más pequeño, como el Big Shuriken 2, sí que podrías ponerle unidad óptica interna, en ese caso no sería necesario el agujero superior si la caja va bien ventilada, aunque claro, pederías "poder de refrigeración", en ese caso mi recomendación es que la APU no exceda los 65w de TDP.

Silverstone ML05: Esta cuenta con la ventaja del precio, y es muy pequeña. el problema es que para refrigerar decentemente la CPU tienes que poner un Big Shuriken 2 y hacerle el hueco superior, y entonces no podrías poner ni discos de 3,5" ni tampoco unidad óptica. Otro hápdicap es qeu la fuente es SFX en lugar de ATX, lo que complica un poco la elección de fuente para que sea silenciosa, aunque en Ibertrónica tienes un par de unidades que si bien no te puedo garantizar en cuanto a silencio porque no las he probado, tienen buena pinta, son éstas dos: SEASONIC SILVERSTONE

Lian-Li PC-C50: Otra caja que entraría en las medidas (32,5cm de profundidad), y es muy bonita. ENLACE

LC-Power: Por supuesto, espacio de sobra tendrías para una LC-Power como esta: ENLACE. Eso sí, estás limitado a un AMD de la serie T con 65w de TDP o un intel de 35w dado que la fuente es de 75w. Lo ideal es hacerle la modificación superior, en caso contrarío sería ruidoso.

Así sin ponerme a buscar más modelos son las que se ocurren, dejando a un lado las tipo Streacom F7C que serán bastante caras y con una refrigeración deficiente, la mejor opción por precio sería en todo caso la MS-Tech ML-80: ENLACE, pero sigue siendo cara para lo que ofrece (en mi opinión).

Habrás muchas más, pero la mayoría con fuentes no ATX de pequeño tamaño (no ATX) y difíciles de reemplazar, que serán ruidosas.

Sin ir más lejos la caja in-win que pones no la presupuestaría a nadie a no ser que me lo pidiera, pues la fuente es de pequeño tamaño y seguro que es ruidosa; por las fotos parece que es una SFX, y conozco una fuente SFX que la he montado y es silenciosa, pero creo que si a la caja has de sumar el precio de la fuente, pues pierde un poco la gracia. Esta es la fuente SFX que digo que es silenciosa: ENLACE


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Placa: Asrock FM2A85X-ITX
Me parece buena opción, lo cual no quiere decir que no haya alguna ya FM2+ que esté bien, como la Asrock FM2A88X-ITX+: ENLACE, pero creo que es más cara.

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Procesador: AMD A6-6400K
Mala elección en mi opinión, los A6 Trinity y Richland no son más que A4 a un poco más de velocidad, pues siguen teniendo un solo módulo (vendidos como dual core). Si vas muy mal de presupuesto ponte un A4 que te hará lo mismo, y si quieres un buen rendimiento dá el salto a un A8 6500 o incluso un 5500, porque llevan el doble de núcleos que el A6.

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Disipador: Big Shuriken 2
Es muy buena elección, aunque dependiendo de la caja que finalmente montes puede haber mejores disipadores.

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Ventiladores adicionales: No tengo ni idea, ni de si los necesito ni de cuales elegir.
Dependerá de la caja que montes.

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SSD: Lo pondré o no según presupuesto. Se que no es indispensable en un Media Center pero tengo entendido que el disco duro no es de lo mejor en cuestión de velocidad y soy de los que se desesperan cuando los equipos tardan en responder.
Como muy bien te ha indicado el compañero degus, si el uso va a ser principalmente como HTPC, el SSD es un gasto que te puedes ahorar. Eso si, si usas el HTPC como PC, entonces puede valer la pena porque el SSD le da una soltura al equipo imposible con un disco mecánico.

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HDD: WD Green (según presupuesto 2,3 o 4 TB)
Si vas a instalar el sistema operativo en él no pases de 2 teras, el comentarte esto es porque podrás usarlo sin problemas para instalar el S.O. en él, y tenerlo así tanto para sistema como para almacenamiento.

Durante muchos años se ha usado el sistema MBR (Master Boot Record) para particionar discos duros, pero este sistema tiene un límite de direccionamiento de 2 teras, es por eso que para usar discos mayores es necesario usar el sistema que los sustituye, GPT (Guid Partition Table). Con este sistema podemos sin problemas particionar con 2, 4 teras, y mucho más, e incluso sin él, usando MBR, en determinados sistemas operativos es posible usar un disco de 3 teras haciendo varias particiones, si todas son inferiores a dos teras.

Actualmente se pueden usar discos de 3 y 4 teras formateados en GPT como discos de almacenamiento sin ningún problema, tanto bajo Windows Vista o superior como Linux, pero si queremos instalar el sistema operativo en éste disco la cosa se complica bastante.

Para no enrollarme mucho te diré que se supone que con una BIOS uefi, creando un pendrive instalador de Windows 7 en modo UEFI podríamos en el programa de instalación de Windows 7 entrar en línea de comandos y particionar el disco duro en modo GPT para así instalar normalmente en él, pero yo hace tiempo dediqué como 6 o 7 horas al tema y no fui capaz. Sería cosa de dedicarle más tiempo, pero desde luego sencillo no es.

Es por esto que para evitar problemas, si el disco duro se va a usar para el S.O. no presupuesto nunca más de 2 teras. Si pusiéramos dos discos duros, el primero podría ser de 2 teras para el S.O y el segundo, como es solo para almacenamiento, ya podría sin problemas ser de 3 o 4 teras. Otra opción (si no cabe en la caja o no queremos tener dos discos mecánicos) es montar un SSD para el S.O. y uno de 3 o 4 teras para almacenamiento, pero claro, el SSD supone un costo extra importante.


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Ram: Kingston HyperX blu 4GB 1600 MHz
Ok

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Capturadora: Aver Media AverTV Volar Green HD
Ok, anunque por experiencia te digo que no funciona en Linux (yo al menos no lo conseguí), pero si usas Windows, sin problema.

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Teclado: Logitech K400
Es radiofrecuencia, con lo que perfecto no es (debería ser bluetooth), pero funciona muy bien

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Mando a distancia: Philips RC197
No soy partidario de usar mandos, prefiero un teclado para todo, pero bueno, está bien de precio y te valdrá.

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OS: Supongo que Windows, acepto sugerencias si el 7 o el 8, me había planteado alguna distribución con una interfaz amigable de Linux, pero he leído que da problemas con AMD FM2, y no tengo claro las opciones que tendré para grabar la TV.
Windows 8 funciona muy bien y arranca mas rápido que 7, pero aun así, yo pondría el 7.

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También agradecería que me echarais un capote con algún argumento para convencer en casa de su utilidad. El caso es que tengo un DVD grabador con disco duro y un Apple TV combinado con un iMac que también está en el salón. Lo que busco es grabar la televisión (mis padres son muy de ver las cosas con un día de retraso para omitir los anuncios) y tener un buen reproductor multimedia, con una gran biblioteca, fácil de usar bien organizada y conectada en red para compartir con tablets y smartphones. El caso es que lo tengo medio resuelto con lo que tengo, quiero un HTPC porque me llama mucho la atención montarlo y trastear con él, pero vamos que seguro que sabéis convencerme
Un HTPC, si está bien diseñado, montado y configurado será un equipo totalmente silencioso que te dará muchas más potencia, soltura, versatilidad y posibilidades que cualquier otro cacharro, creo que en eso se resume todo.

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Edito: Acabo de ver en Ibertronica que es donde iba a comprar la caja que han editado las medidas y ahora tiene 370mm de fondo, lo cual ya no me valdría, aunque en la web oficial sigue poniendo 310mm. Podéis sacarme de dudas? Alguna alternativa?
Según la web del fabricante: ENLACE, tiene 31cm de fondo, con lo que te valdría, aunque yo para nada te la recomendaría por las razones que he comentado antes.

Saludos