Buff, los protocolos HDMI están todavía verdes, eso que comentas de que hay que desactivar y activar el control para que vuelva a la vida le ha pasado a más de uno simplemente usando un BD y una TV (incluso de la misma marca), así que poca solución puede tener. Quizá si pruebas Raspbmc o Xbian (haz una copia de Openelec primero) para descartar el tema del S.O pueda ayudarte en algo.

Si con el mando de la TV siempre te funciona bien yo intentaría usar siempre éste.

Un saludo.