Yo siempre pongo silicona de la mejor calidad posible, actualmente uso Arctic MX-4, que es comparable a la Artic Silver 5 y tiene la ventaja de no tener tiempo de cura/asentamiento.

Pero si realmente vas a montar un solo HTPC, no merece demasiado la pena gastar el dinero en silicona térmica de la buena, pues la que te trae el disipador hará el trabajo perfectamente y la diferencia serán solo unos grados de temperatura.

Si fueses a montar un equipo con overclock, queriendo apurar al máximo las frecuencias, voltajes, etc, entonces si es importante, pues unos grados de diferencia pueden venir muy bien, pero no es el caso.

En cuanto al ventilador, el ser más grande hará que mueva un mayor flujo de aire a las mismas rpm, lo cual desde luego es positivo.

El tema, claro, es que el ventilador sea silencioso o no lo sea. Cualquier ventilador lo puedes bajar de velocidad si la placa base te deja hacerlo, y entonces casi todos serán razonablemente silenciosos. Aquí el problema es que ma mayoría de los ventiladores, aún regulados al mínimo, tienen ligeros (o no tan ligeros) ruidos mecánicos, con lo que si eres muy exigente, por mucho que lo regules te parecerá mal ventilador.

Yo hace unos días monté un equipo con una caja Corsair, y los ventiladores que traía me parecieron malos con avaricia, tanto que los de 12cm los cambié por unos TB Silence y el frontal de 14cm lo tuve que dejar desconectado.

Te puedo recomendar algunos ventiladores de 8, 12 y 14cm que son de mucha calidad y totalmente silenciosos, pero de mayor tamaño es más complicado, porque la verdad que no suelo montarlos.

Saludos