Bueno, después de tanto lo he conseguido.
He usado el programa MP3 Splitter & Joiner Pro, que también trabaja con archivos wav. Lo que he hecho es abrir con este programa el .cue erróneo del álbum y especificar donde tenía el archivo wav, ya extraído del flac. A partir de ahí escuchar el inicio y final de cada tema y corregirlos. Después una vez divididos, los comprimo nuevamente a flac.
Este programa tiene la desventaja de ser por pago, por lo que en la versión de prueba sólo se podrán abrir los cinco primeros temas del cue. Por suerte lo conseguí entero.