No veo porqué usar el BS2 es un problema de cara a usar una gráfica en el futuro, el disipador no interfiere en el espacio del PCI-Express, yo inluso tengo un HTPC con ese disipador, gráfica dedicada y un ventilador de 14cm, que va más allá dl espacio que ocupa el de 12cm.
Te pongo una foto donde se ve (pido disculpas por la calidad de la misma):
