En mi caso.
Para los archivos ape. descomprimo con Monkey's audio.
Para los archivos flac. con Flac Frontend.
Ambos generan un disco de imagen.
Abro Nero. Imagen de disco. Busco la carpeta y aparece el cue. Siguiente y grabo a 4X.
Algunas veces da error, normalmente en línea 3 o 7. Voy a la carpeta, al archivo cue. y edito. Si pone p.e. CDImage.ape hay que poner .wav. Salgo y guardo.
Vuelvo a Nero y otra vez. Sin problemas.

El cue. se puede editar, algunas veces no viene el título de las canciones o están en japonés. Como mi CD tiene CDText es muy util.

Los rar .ape. o .flac (me gustan mas estos) son clónicos del original y aunque ocupan bastante mas que los MP3 el resultado vale la pena.

Saludos.