Yo nunca he tenido controlador de ventiladores, pero yo el ventilador de la cpu lo pondría en la placa y los ventiladores adicionales en el controlador.

Imagínate q pones q la velocidad del ventilador de la cpu a bajas revoluciones y no enfría lo suficiente y se empieza a recalentar y no te enteras. En cambio desde la placa, según los grados de la CPU el ventilador va más o menos rápido. Tb hablo sin saber usado un controlador y si estos tienen modo auto, pero creo q no. Que lo confirmen

Hay dos CPU FAN pq ahora hay disipadores con dos ventiladores y para que vayan a la par. Pero tanto da q lo pongas en el uno q en el dos.

Saludos