Buenas, yo también estoy mirando una configuración prácticamente igual (en BlogHTPC coincidimos

) y en cuanto al problema de placa/conectores/caja, creo que tanto con la Zotac sobretodo, como con la MSI, no tendremos problemas para ello, ya que si te fijas, en la Zotac por ejemplo, la alimentación está muy alejada del socket, y el conector USB 3.0 igual. En la MSI, si mis cálculos no falllan, pasaría algo parecido a la imagen que colocaste, con el conector de alimentación más o menos en el mismo sitio, pudiéndolo poner sin problemas, pero el conector USB interno justo al otro lado, con lo que creo que no habría problemas para la conexión.
Si finalmente te decides por una de esas dos placas y la Streacom FC8 Evo, estaría bien que comentases los resultados en cuanto a este aspecto. Yo todavía tengo que alargar la compra unos mesecitos, pero en cuanto lo pruebe, y si nadie ha dicho nada aún, dejaré constancia del resultado.
Un saludo!