Entiendo que antes lo que veías era la imagen poco fluida "de seguido" y con el tema de poner la tasa de refresco equivalente a los fps de la peli se te ha solucionado (tanto en XBMC como en MPC HC por lo que dices en lo citado) pero ahora tienes un pequeño salto periódico (o ralentización de imagen de una fracción de segundo, si hablamos de lo mismo se le suele llamar salto o saltito para abreviar).
Esto suena a dropped frames al no ponerse la gráfica a 23.976 Hz esactamente. Si se pone a 23.975 Hz o 23.977 Hz, por ejemplo, la fluidez será correcta pero periódicamente se descartará/repetirá un fotograma (como tu dices: "más que un salto es como si la imagen se relentizase durante una fracción de segundo").
Por lo que veo en el OSD que has colgado del XBMC estás utilizando el reclock interno que tiene, que se puede usar para corregir esto:
Settings/Videos - XBMCA/V sync method [Audio Clock, Video Clock(resample audio) or Video Clock(Drop/Dupe Audio)]
Audio has to stay in sync, this can either be done by resampling, skipping/duplicating packets, or adjusting the clock if it gets out of sync too far. Resampling has the advantage that the speed of the video can be changed considerably, so 24 fps can be sped up to 25 fps to play at PAL speed. The disadvantage of resampling is that it doesn't work with passthrough, and there is a slight loss of audio quality. Skipping/duplicating audiopackets has no loss of audio quality, but the speed of the video can only be changed a little to avoid doing a skip/duplication too often, most of the time it's inaudible, but it can produce a very audible click. Adjusting the clock has the best audio quality, but some extra video jitter can occur, also the speed of the video can't change much, as the audio will sync the clock more often the more the speed of the video is changed.
Es la opción "Sincronizar la reproducción con el monitor" que aparece en la captura que has puesto (ahí lo activas), y justo debajo las tres opciones disponibles en este reclock (en "Método de sincronización A/V"):
En teoría con la opción "Video Clock (Resample audio)" se debería solucionar si anda la tasa de refresco lejos de 23.976 Hz (creo recordar que tu gráfica saca 23.971 Hz si no recuerdo mal, pero no estoy muy seguro). Si está cerca, 23.975 Hz o 23.977 Hz, las otras dos opciones tambien deberían funcionar. Cuando elijas una opción cierra el XBMC y vuelve a abrirlo para asegurarte que se activa.
Para comprobar si el problema que tienes ahora es lo que te comento (que la gráfica no esté esactamente a 23.976 Hz) lo puedes mirar en el MPC HC. Lo meto en un spoiler porque mucha gente no ve los dropprd frames pero si son conscientes de que los tienen se obsesionan y los acaban viendo al estar pendientes de ellos.
Spoiler:
Yo juraría que va a ser esto (si te entendí bien y se solucionó el tema "de seguido" al ajustar la frecuencia de refresco creo que podemos descartar tema drivers).
Como no sé muy bien como funciona de correcto este reclock interno de XBMC (no es mi reproductor habitual) y si el problema es el que te comento, también se le podría obligar a XBMC a usar 24 Hz en lugar de 23.976 Hz y así obligar al reclock del XBMC a cambiar los fps de la peli a 24 fps (y tranquilo, tambien de forma automática todo el cambio de refresco). Como veo que estás descodificando el audio no te supondría un inconveniente.
Independientemente de todo esto, sin saber qué has tocado es casi una lotería el tema (configuración gráfica, reproductores, filtros, pack de codecs, configuración TV, etc.).
Suerte.