Si lo he entendido bien tu configuración es casi idéntica a la mia. No entiendo alguna cosa, la caja MS-1200 no lleva ventilador ¿como es que choca con la placa?. En cualquier caso si tu unidad trae ventilador de caja y lo has quitado eso no es ningún problema. Tampoco entiendo que tape los conectores SATA que están en la parte delantera, si es que se trata de la placa ASRock. Quizá puedas poner alguna foto o en cualquier caso mira las de mi hilo por si te aclaran algo
https://www.forodvd.com/tema/138557-...jo/index5.html
Para el 2º punto lo primero que debes mirar es si has colocado bien el microprocesador, si has levantado la pegatina de la placa base donde apoya el micro y si este está en su orientación, solo admite una.