A ver, lo que me descoloca un poco es que has comentado que es al abrir un fichero flac. Por lo que yo sé el flac es un formato de audio sin pérdidas de calidad (algo similar al WAV, pero ocupando menos, en contraposición al MP3 que ocupa menos pero que sí que elimina partes del audio).
Es por eso que no termino de entender, te pasa con cualquier película o solo con esos ficheros flac?
Y ahora te pregunto... ¿has instalado los drivers de Intel tanto de la gráfica como chipset, etc? El sonido lo sacas por HDMI, SPDIF o analógico? ¿sacas el sonido por passthrought o lo procesas en el HTPC?
¿Que versión de XMBC y skin tienes?
Vaya, parece esto un interrogatorio xD
Saludos