Hola Daltónico, te voy comentando:

Placa: Si vas a sacar el audio por HDMI o salida óptica te da igual la diferencia entre una realtek y otra, con lo cual lo que te queda son esos USB y más conexiones de ventiladores y regulación. Si no te importa aplicar el "caballo grande ande o no ande" ve a por la Pro, si no, la normal son 30 euros menos y posiblemente te haga el mismo servicio.

APU: Si no vas a usar el HTPC para jugar o lo vas a usar pero no te importa tener calidad y detalles muy altos (te vale con 720p), claramente el A8 5500, yo ya me montado unos cuantos y va muy muy bien. Si es para jugar y te importa la calidad, yo veo mejor opción la combinación de un Athlon II x2 FM2, el 740 por ejemplo que es un A8 5500 con la VGA desactivada, le añades una 7770 con doble ventilador, y tienes una combinación muchísimo más potente que la mejor de las APUs A10.

Disipador: Entre los que pones, no hay duda posible, el Big Shuriken 2 es mucho mejor, y además más barato; si te cabe y te permite el tema de los discos duros, pon ese, aunque quede algo cerca de las cajas de los discos.

Eso sí, que la APU sea de 65w mejor que de 100, siempre y cuando quieras conseguir un equipo realmente silencioso.

Memoria: Te valen cualquier prácticamente, al final cualquiera te puede ir estupenda o cualquiera te pueda dar algún problema, pero si Asus las anuncia como compatibles y por el perfil que tienen (que no he mirado) te caben y no te estorba el disipador, "palante".

SSD: Que mamón, es la eleccion ideal, poco te puedo decir, jeje, bueno, que no pongas un 840 "normal" porque llevan chips TLC, pero el Pro lleva MLC y es un cañón.

HHD: hace poco monté un par de Red y creo que la única diferencia con los green es que traen ya la reconfiguración del aparcado de cabezales de fábrica, pero son el mismo disco, te lo digo porque si te puedes ahorrar unos eurillos....

Fuente: No he probado ninguna de ellas, vete a la web de Be quiet y mira bien los decibelios anunciados. Si comparas esos datos con otras fuentes de be quiet que sabemos que son silenciosas será un dato fiable (no te puedes fiar de estos datos entre diferentes vendedores/marcas, pero siendo el mismo....).

Yo monté hace poco esta: ENLACE, y más silenciosa es imposible, no se oye nada ni pegando la oreja.

Ya yendo algo con un precio más ajustado, ésta de 300w la he montado también y sin ser tan ultra-silenciosa, en la práctica no se oye nada: ENLACE

Claro que ninguna de ellas es modular, pero bueno, te lo comento para que lo tengas de referencia.

En cuanto a poner un ventilador en el hueco superior, mejor sacando aire que metiendo, pues el calor tiende a subir

Saludos