Normalmente la diferencia entre ponerlo metiendo aire o sacando es mínima, y en los disipadores con heatpipes (ya lo son casi todos) menor aún.

El hecho de ponerlo sacando aire es que justo encima de donde va el disipador les hago un agujero a las cajas y les pongo un filtro, de esa forma el aire caliente del disipador sale directamenta hacia afuera, aprovechando además la propia convección del aire (el caliente tiende a subir)

De todas formas, lo que comentas es motivo de una pequeña review para ver el impacto real, jeje

Un saludo