Hola, pues lo del MPC-HC (supongo que te refieres a la versión Home Cinema) pueden ser varias cosas, entre ellas judder.
Lo raro es que con el reproductor de windows media no te pase ni con el del XBMC tampoco, por lo que más me decantaría a que es un problema con vídeo entrelazado, pero se me hace bastante raro.

Las últimas versiones de MPC-HC llevan los códecs LAV que van muy bien y permiten aceleración DXVA con cualquier gráfica (intel/nvidia/amd).

Para que el vídeo vaya perfectamente fluido en un reproductor se debe cumplir que la tasa de refresco de la pantalla sea múltiplo exacto de los fps del vídeo, por ejemplo, si tienes una película a 24fps, solo se puede ver perfectamente fluido con una tasa de refresco de 24Hz, 48Hz, 72Hz... etc ya que sino, como es lógico en algún momento se tienen que ir repitiendo fotogramas para que "encajen" con la tasa de refresco del TV.

Por otra parte, en MPC-HC es recomendable activar el V-Sync, para que cada fotograma sea forzado a representarse con cada barrido de sincronía vertical, normalmente con esto se consigue una reproducción perfectamente fluida. Por comodidad, es aconsejable usar el cambio de frecuencia automático que viene en MPC-HC, ojo, hay que configurarlo con las frecuencias correspondientes ya que sino seguirán los saltos...

Para mí MPC-HC es el mejor reproductor que hay en windows, pero es cierto que requiere cierto grado de configuración para dejarlo perfecto, claro que precisamente ofrece ese grado de configuración para dejarlo perfecto que ningún otro programa (salvo alguna excepción) ofrece.

Saludos.