El problema del VLC, al menos hasta hace poco, es que no era capaz de sacar provecho de la capacidad multinúcleo de los procesadores actuales, vamos, que sólo usa uno de ellos. No sé si ahora mismo ya lo hace bien.

Yo el que más escucho recomendar es el que ya te han dicho, el MPC HC, aquí hay bastante información acerca de cómo reproducir mkv's con él.

http://bloghtpc.blogspot.com/2008/12...-sin-dxva.html

Saludos.