Hola Bel,
Disculpa que no haya comentado nada antes, he estado unos días algo liado.
Veo que capi.46 te ha orientado estupendamente, y llevas muy bien la configuración

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Sobre lo que has decidido hasta ahora, tan solo te diría que yo no usaría ese disipador, no porque no sea bueno, que es estupendo, sino porque en la Node 304 te caben disipadores tipo torre con ventiladores de 12cm. Puedes montar por ejemplo el
Zalman XNPS optima o el
LC-Power LC-CC120, eso sí, para silencio total mejor les cambias el ventilador por un TB Silende de 12cm.
En cuanto al procesador, si quieres tirar de 4k con la APU, los i3 Haswell te valen, aunque por si acaso miraría alguno con la HD4600 (el 4330 que tiene capi te iría genial). Yo con estas APUs he probado vídeos 4k y funcionan bien todos, a excepción de una demo "muy bruta" que tiene una tasa de 100 mb/s, llamada "4K-HD.Club-2013-Taipei 101 Fireworks Trailer". Eso sí, aún no dispongo de TV 4k, con lo que no puedo hablarte desde la experiencia del tema de las tasas de refresco que soportan
Entre el M500 y el MX100 de 120Gb dudo que encuentres diferencias reales, con lo cual cualquiera de los dos es buena opción.
La placa B85M-ITX es una placa estupenda, y te permitiría SSD + 3 discos de 3,5", aunque si quieres poder aprovechar la caja al máximo, la
Z87E-ITX te daría 6 SATA en lugar de 4, y según especificaciones sería mejor para el 4k.
No obstante, siempre tienes otra opción, más conservadora, que sería montar el HTPC pensando en el full-HD, y más adelante meter una tarjeta dedicada con la que tirar ya de 4k teniendo HDMI 2.0. En este caso podrías optar por el G3220, que si bien en VGA es inferior a los i3, en procesador es igual de válido para lo que tu quieres, y con la integrada HD que tiene tirarías de Full-HD sin problemas. Más adelante, podrías añadir una gráfica con HDMI 2.0 para tener soporte de 4k completo, y lo bueno es que esa tarjeta posiblemente te cueste entonces 50 o 60 euros como mucho, que es prácticamente la diferencia entre el G3220 y el i3 4330, pero además podrías comprar la B85M-ITX en lugar de la otra placa, más cara.
Saludos