La caja es una preciosidad y muy capaz, sería una pena no aprovecharla. La única pega son los ventiladores (1 frontal de 8cm, 2 traseros de 6cm), son pequeños y a muchas revoluciones. Seguramente sean el origen de los ruidos que comentas (junto al disipador de la CPU ¿qué modelo monta? y el de la gráfica, claro).

Habría que cambiarlos por otros de calidad y controlados desde la placa. Una opción a considerar sería mantener el frontal de 8cm (cambiándolo por un modelo de calidad y a bajas rpm) y eliminar los traseros (la caja tiene salida de aire en la parte superior, entre el frontal y el de la CPU podría ser bastante para mantener una corriente de aire aceptable)

Saludos.