A mi me pasó algo parecido con mi HD portatil de LaCie y usé esta linea de comandos y se me solucionó:

chkdsk X: /f

(X: letra de la unidad del disco externo). Utiliza la opción de comando /f y a ver si te da buen resultado.

A mi se me solucíonó el problema y tuve acceso a todas las carpetas del disco sin desaparecer ningun dato.

Suerte