Hola Consultor,

Si sacas el sonido por SPDIF, aunque sea estéreo y decodifiques en el HTPC, esa señal sigue siendo en digital, por lo que en teoría tampoco habría diferencia entre usar la salida SPDIF integrada y la de la tarjeta dedicada.

En la ecualización ya si entraría una manipulación del audio, por lo que aquí sí que podría existir alguna diferencia, pero tampoco lo tengo muy claro, haz pruebas ecualizando por SPDIF tanto con la integrada (ya lo has hecho) como con la dedicada a ver si notas diferencias.

Un saludo