Pues depende lo que quieras...

J1900 y AM1 (Athlon 5350) tienen más o menos el mismo rendimiento, la GPU del AMD es algo superior así como la CPU del j1900. En consumo, el mejor es el J1900, además tiene disipación pasiva con lo que es la opción más silenciosa.

Ahora has de tener en cuenta que el J1900 no soporta BD3D, en caso de que sea uno de tus requerimientos, además tampoco soporta bitstreaming de formatos de audio HD por HDMI bajo Windows, claro que esto tampoco es que sea un trauma, siempre puedes descodificar por software y enviar la señal multicanal LPCM con exactamente la misma calidad que DTS-HD o DD-TrueHD.

Si quieres instalar Linux, la mejor opción es intel por el tema de soporte y drivers.

Respecto a J1900 o J2900, no hay diferencias apreciables en funcionamiento, algo más de frecuencia en cpu y gpu y poco más, si lo encontrases a mismo precio o muy poca diferencia, pues está bien, pero sino, no merecería la pena.

En cuanto a la caja, te puedo recomendar una que es buena, bonita y barata:

Chieftec FI-01B-U3

La tengo yo y es realmente silenciosa, de todas formas la CI-70 es muy buena opción también.

En casa yo tengo un AM1, pero a un compañero le he montado un J1900 y la verdad es que va genial.

Saludos.