Una vez cargada la peli, en la pestaña "Source" pulsas "Advanced", coges la cantidad de "Total Frames" lo divides por 2 o mas.

En "Current Frames" pones el resultado de la división y pulsas "Out". Ya tienes el primer trozo preparado,en "Target" escoges el tipo de compresión y le das un nombre (ejemplo Matrix 1) ahora a "Convert".
Para el siguiente trozo en "Source" "Current Frames" la cantidad anterior y pulsas "In", otra vez en "Current Source" la cantidad total o la suma de las dos primeras, y pulsas "Out" verás como la barra se mueve de acuerdo con los trozos seleccionados, y "Convert" ( Matrix 2).

En la segunda parte puede dar problemas de sincronización con el audio.... chungo!!, yo lo arreglé con un programa de edición de vídeo, pero este ya es otro tema.

Puedes utilizar también los programas VirtualDub + TMPGEnc, son mas complicados para hacer lo mismo pero quizá no dan los problemas de sincronización.

Espero que te sirva.