Por lo que yo se, NERO No te da la opción de elegir el formato a la hora de grabar. El formato lo lleva implicito el Fichero IFo del disco. Cuando haces autoria de los ficheros, es decir, coges el video por un lado, el sonido por otro y los subtitulos y los mezclas todo, en ese caso si que necesitas elegir el formato, pero siempre 4:3 o 16:9, para luego crear los IFO y los VOB.
Los programas todo en uno, no tienen en cuenta el formato, ya que que lo unico que hacen es clonar el formato, recomprimiendo o eliminando i-frames y el formato se respeta. Si usas programas de este tipo, lo mejor suele ser sacar una imagen ISO y tostarla posteriormente.

Lo que cuentas, mas bien, me hace pensar en un problema de la configuración de salida de video del DVD. Algo así como que hayas cambiado tu tele por una panoramica y el DVD lo tengas en 4:3 y no LetterBOX o 16:9, por lo que siempre alarga las pelis verticalmente sin franjas arriba ni abajo.
Tampoco aclaras si te refieres a pelis de Divx o DVD's completos.
En caso que te refieras a DIVx, hay una utilidad por internet para modificar el fichero y ponerlo al formato que tu quieras y mas cosas, algo asi como, MPG4modifier. El caso es que funciona bien.

Un salu2