Eso es diferente, para empezar deberías poder configurar la misma resolución tanto por una salida como por la otra. Tampoco creas que por más resolución mejor imagen, pues hay mil parámetros más importantes que la resolución. De todas maneras estoy casi seguro que con tu ATI sacarás más calidad por DVI que por VGA, aunque también dependerá del proyector.

Saludos!