Para el que le pueda interesar, dejo aquí toda la info que he ido reuniendo estos días y cómo he solventado el problema:
1. El último controlador de nvidia compatible con la tecnología 3D vision es el 425.31. A partir de éste, las opciones de 3D ya no aparecen en el panel de control. He tenido que volver a esta versión.
2. Mi GTX 960 tiene 3 salidas DP, 1 HDMI y una DL DVI. La HDMI la tengo ocupada a la tele, porque es la única de esta gráfica que saca HDR (tengo que comprobar si con esta versión del controlador sigo teniendo HDR en 4k). Bueno, para usar 3D necesitas que el monitor esté configurado a 1080p 120hz así que lo que hay que hacer es usar la salida DL DVI.
3. Una vez el monitor conectado por DVI, ajustar a 120 hz la resolución de refresco.
4. Ir a las opciones de 3D estereoscópico del panel y ya se puede configurar. Por fin se activó la lucecita del emisor 3D del monitor y todo funcionó.

Y ahora... ¿qué pasa con el sonido?

Si quieres sacarlo de la gráfica como yo para un receptor AV, tienes los puertos HDMI o dual port para ello. Yo tengo el HDMI ocupado así que conecté un dual port de la gráfica al AV con un adaptador de HDMI y ya me saca el audio. Pero claro, el ordenador no entiende que yo quiero sacar el audio y me lo toma como que tengo dos pantallas conectadas a la vez.

Esto es un poco engorroso (¡si alguien tiene una opción para hacer entender al receptor AV o al ordenador que solo quiero sacar audio, a modo de ARC en las teles, y no vídeo, que me lo haga saber por favor!) pero bueno, simplemente es irte a las opciones de panel de control y decir que quieres que tu pantalla principal sea la del DVI, ponerla a 120 hz, que la secundaria sea la del DP, y cuando tengo problemas de ventanas que se me van a la otra pantalla, es lo más incómodo que he encontrado de todo este proceso, lo que hago es decir "mostrar únicamente en pantalla x" para que se me muestre todo en el DVI y luego revierto a ampliar las pantallas y ya lo tengo todo en la pantalla del DVI, y puedo trabajar monopantalla, ver cosas en 3D y tengo el sonido al AV.

Saludos!