Es un problema habitual.
Supongo que para ver mkvs 3D usaras un pc.
En caso de tener Nvidia, te recomiendo el programa Nvidia 3D player (gratuito en su web) que tiene muchas opciones e incluso permite cambiar ojo derecho a izquierdo (lo que te pasaba)
Si usas una ATI, puedes usar el Stereoscopic Player (es una gratuito, no uno de pago que tiene igual nombre)
Si te interesa el 3D:
https://www.forodvd.com/tema/86767-P...nasonic-...%29
Saludos