Claro!. Cada uno oímos y vemos de formas ligeramente o no tan ligeramente diferentes, y por eso este tipo de herramientas son fiables en el sentido de que te muestran los datos sin pasar por nuestro imperfecto filtro subjetivo que es tan fácil de engañar.

Piensa como analogía en el mundo del vídeo. Sin una calibración correcta, los colores de la imagen no saldrían como deberían ser, pero incluso así, dos personas diferentes pueden percibir un mismo color como diferente. Y sin embargo coges el "color picker" de Photoshop y te dice exactamente los valores RGB de ese color.

Con el audio sucede algo similar, y aunque yo haga esa operación y el resultado sea matemáticamente perfecto, luego resulta que hay procesados que puede realizar el ampli sobre la señal recibida, que la pueden alterar. No una EQ, sino la forma en la que decodifica el sonido y lo lleva a los altavoces. Ahí ya sí que no se puede hacer mucho, y por eso igual tú puedes percibir una diferencia que yo con mi equipamiento, no. Lo ideal sería tener el mismo equipamiento todos, pero eso me temo que no es posible. La tele, vale que vale, pero ampli y cajas...

Y un ejemplo de eso que dices que cambia el audio está en ese MKV, pues si yo reproduzco ese archivo en el ordenador y voy rotando las pistas de audio, no percibo diferencias, ni de volumen ni de pérdida de sonidos. Quizás la forma en la que se reproduce el sonido en el ordenador es más plana, no lo se.

Y otro tema que he averiguado es que el encoder tiene que ver mucho con el resultado final. Habría que comparar realmente película por película y pista por pista (del mismo idioma) para ver las diferencias REALES de cada audio. Técnicamente ya te digo que no hay diferencias, o si las hay son marginales, pero si a la hora de codificar el AC3 se han usado diferentes parámetros, entonces alterará el sonido original. Un ejemplo de ello:



En ese cuadro de diálogo de arriba, tienes innumerables controles que ALTERAN el audio durante la generación del AC3, que otras herramientas no hacen. Como digo, es un tema complicado.